Introduction
Les logiciels d'infographie
moléculaire
appartenant à la famille issue de Rasmol comme Chime,
Protein
Explorer, Rastop, Molusc, etc. permettent d'afficher et de
manipuler
des modèles de molécules reconstruits à partir des
fichiers .pdb (Protein Data Bank) de coordonnées
atomiques
contenus dans les banques de données internationales, telle la Protein
Data Bank.
Les commandes de ces logiciels permettent
d'affecter
diverses représentations conventionnelles (boules, rubans,
squelette
carboné, surfaces de Van der Waals, couleurs, etc.) à des
atomes choisis par l'utilisateur, d'examiner les modèles sous
tous
les angles de vue, de réaliser des mesures (angles, distances,
etc.),
de comparer des modèles, de réaliser des scripts,
d'exporter
des images...
Chime permet de réaliser ces
opérations
en ligne dans une page web à partir de fichiers .pdb
chargés
sur le serveur.
Après installation de Chime sur
votre ordinateur, les liens de la table des matières ci-dessous
vous conduisent à des modèles moléculaires
tridimensionnels
manipulables en ligne.
Chime peut être téléchargé
à partir du site BIO-GEO de l'INRP et il doit être
installé
ensuite sur votre ordinateur.
Dans ce site, trois types d'animations
sont disponibles selon
les molécules :
- les modèles
moléculaires
présentés
dans une fenêtre Chime sont repérés par
l'icône
;
- certaines macromolécules
sont
présentées
dans une visionneuse 3D dont les commandes sont accessibles par des
boutons
et sont repérées par l'icône
;
- d'autres modèles sont
présentés
dans une animation commandée par un script et sont
repérés
par l'icône
.
Ne pas démarrer un script avant
la fin
du téléchargement du fichier pdb.
Soyez patient, le
téléchargement
de certaines macromolécules peut être un peu long avec un
modem 54K.
D'autres molécules continuent
à
être ajoutées à la liste.
Sommaire
.Voir ci-dessous la table des matières détaillée :
Table
des matières détaillée
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
- Bases,
nucléosides, nucléotides
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
- Macromolécules
glucidiques
|
|
|
.... |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
...... |
|
|
|